По версии следствия, по прямому указанию руководителя ОАО в начале октября судно направилось в порт Киран для загрузки золотосодержащей руды. Александру Шильцину было достоверно известно, что сырье на борт сухогруза было погружено с нарушениями правил перевозки, и что погодные условия не позволяли сухогрузу выходить в рейс. Однако он дал команде сухогруза личное указание следовать в акваторию Охотского моря. 

Кроме того, следствие установило, что перевозка руды на судах, принадлежащих ОАО «Николаевский-на-Амуре морской порт», систематически осуществлялась с нарушениями правил безопасности движения и эксплуатации морского транспорта. 

Также в сентябре 2012 года следственные органы МВД России на транспорте изъяли две баржи, принадлежащих ОАО «Николаевский-на-Амуре морской порт», и передали их на ответственное хранение другому транспортному предприятию. Александр Шильцин, используя свое служебное положение и вмешиваясь в деятельность следователя, дал подчиненным работникам указание не выпускать изъятые суда из акватории Николаевского-на-Амуре порта и создавать препятствия при их транспортировке. 

Следователи направили в суд ходатайство об избрании в отношении обвиняемого меры пресечения в виде заключения под стражу.